Proses pembelajaran di Prodi Sejarah diselenggarakan berdasarkan Peraturan Akademik Universitas Sanata Dharma tahun 2010, sebagai berikut:
Mahasiswa Prodi Sejarah berhak atas berbagai pelayanan yakni:

1. Pendampingan Akademik
2. Pendampingan pengembangan softskills
3. Pembinaan rohani dan kepribadian
4. Perpustakaan
5. Teknologi Informasi.

Selain hal itu:

1. Bagi mahasiswa baru, pada semester pertama mengambil paket mata kuliah yang telah ditentukan oleh prodi.
2. Mahasiswa (bukan mahasiswa baru) wajib menyusun rencana studi dengan bimbingan dan persetujuan Dosen Pendamping Akademik (DPA) di awal semester.
3. Mahasiswa hanya diizinkan mengikuti kegiatan akademik sesuai dengan yang tercantum dalam rencana studi resmi yang definitif
4. Pengubahan rencana studi harus seizin DPA dengan prosedur yang diatur oleh fakultas atau prodi, maksimal 2 minggu sejak kegiatan perkuliahan semester yang bersangkutan dimulai
5. Jumlah satuan kredit untuk Program Sarjana (S-1) Sejarah berkisar antara 144-150 sks.
6. Jumlah satuan kredit maksimal yang boleh diambil mahasiswa dalam suatu semester berpedoman pada besar Indeks Prestasi Semester (IPS) yang dicapai pada semester sebelumnya:
• IPS           Satuan Kredit Maksimal
• ≥ 3,00                    26 sks
• 2,50-2,99               23 sks
• ≤ 2,5                     20 sks
7. Ketentuan no. 6 berlaku apabila mata kuliah prasyarat telah ditempuh dan lulus.
8. Mahasiswa Prodi Sejarah dimungkinkan mengambil mata kuliah yang isi dan bobot satuan kreditnya sama di prodi lain
9. Mahasiswa prodi sejarah juga dimungkinkan mengambil mata kuliah pilihan/tambahan di prodi lain untuk memenuhi ketentuan kurikulum/menambah wawasan.
10. Pelaksanaan perkuliahan pada no 8 dan 9 diatur dalam peraturan Universitas.
11. Pada setiap awal perkuliahan, mahasiswa Prodi Sejarah berhak memperoleh penjelasan rencana perkuliahan /silabus termasuk:
1. Macam dan banyaknya tugas yang harus diselesaikan oleh mahasiswa dan bobot penilaian bagi setiap tugas
2. Banyaknya ujian sisipan yang akan diadakan dan jadwal penyelenggaraannya
3. Cara penilaian yang dipakai
12. Perkuliahan dilaksanakan pada waktu dan tempat sebagaimana ditetapkan dalam jadwal kuliah.
13. Pada setiap pelaksanaan kegiatan perkuliahan dosen memeriksa kehadiran mahasiswa.
14. Bila dosen berhalangan hadir, mahasiswa berhak memperoleh:
1. Pemberitahuan dari dosen yang bersangkutan atau Kaprodi
2. Penggantian perkuliahan yang terhalang itu pada kesempatan lain atau penggantian dengan kegiatan pembelajaran terstruktur dengan seizin Kaprodi
15. Mahasiswa Prodi Sejarah yang berhak mengikuti kegiatan perkuliahan suatu mata kuliah adalah mahasiswa yang mendaftar dan namanya tercantum dalam daftar peserta kuliah
16. Mahasiswa Prodi Sejarah wajib mengikuti kegiatan perkuliahan sekurang-kurangnya 75% dari jumlah jam pertemuan nyata selama satu semester. Mahasiswa yang kehadirannya kurang dari 75% dari jumlah pertemuan nyata selama satu semester dinyatakan belum menempuh kuliah dan diberi tanda F. Mata kuliah yang ditandai F diperhitungkan dalam penentuan IPS dengan bobot 0
17. Selama kegiatan pembelajaran berlangsung, dosen berwenang penuh untuk mengelola kelas dan kegiatan pembelajaran.
18. Mahasiswa Prodi Sejarah yang terlambat lebih dari 10 menit tidak diizinkan masuk ruang kuliah.
19. Mahasiswa yang tidak mengikuti petunjuk dosen yang sedang mengajar dapat dikeluarkan dari kelas
20. Mahasiswa Prodi Sejarah wajib mengikuti kegiatan pengembangan softskills yang diselenggarakan oleh Prodi, Fakultas dan Universitas
21. Kegiatan pengembangan softskills mahasiswa diukur menggunakan sistem poin yang diatur dengan ketentuan Universitas.
22. Mahasiswa Prodi Sejarah sekurang-kurangnya harus mencapai 10 poin satuan softskills sebagai salah satu syarat yudisium mahasiswa.