Universitas Sanata Dharma memenangkan 4 hibah yang diselenggarkan oleh DIKTI, yaitu Porgram Hibah Kompetisi (PHK) A3 untuk Program Studi Farmasi sebesar kira-kira 2,4 milyar, PHK A2 untuk Prodi Teknik Mesin 1,5 milyar, Hibah INHERENT (Indonesia Higher Education Network) 1 milyar, dan hibah peningkatan penelitian oleh Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) sebesar 1 milyar. Pengumuman kemenangan ini dikeluarkan oleh DIKTI tanggal 19 September 2006. Prodi Farmasi yang telah terakreditasi A mengajukan proposal hibah dengan program "Peningkatan Kualitas dan Relevansi Lulusan untuk Mempertinggi Daya Saing Lulusan". Prodi yang terakreditasi A berfokus pada program efisiensi eksternal dan relevansi lulusan ke dunia kerja karena diasumsikan manajemen internal sudah sangat bagus. Sedang Prodi Teknik Mesin yang terakreditasi B mengajukan program "Peningkatan Efisiensi dan Produktivitas Melalui Peningkatan Proses Pembelajaran disertai Peningkatan Suasana Akademik yang Didukung Penigkatan Kualitas Manajemen". Sementara itu program hibah INHERENT adalah Peningkatan Kapasitas dan Kapabilitas USD dalam Mengelola Sumber Belajar Digital. Pada dasarnya, program yang diusulkan USD dalam INHERENT ini bertujan meningkatkan kapasitas dan kapabilitas USD mengelola sumber belajar digital. Kemampuan USD mengelola sumber belajar digital sangat relevan apabila dikaitkan dengan konteks USD yakni: 1. USD memiliki perhatian dalam peningkatan mutu dan inovasi pembelajaran. USD mempunyai pengalaman panjang mengelola pembelajaran yang baik karena USD merupakan perluasan mandat IKIP yang sudah berdiri sejak 1955. 2. USD menyiapkan diri memasuki era pembelajaran berbasis TIK yang mempunyai potensi besar meningkatkan efektivitas, efisiensi dan kualitas pembelajaran. Dengan usulan ini, USD menyiapkan diri untuk mampu mengelola model pendidikan modern yakni e-learning. 3. USD berharap dapat berpartisipasi aktif mengembangkan INHERENT dengan cara turut berkontribusi memberikan aneka sumber belajar digital hasil produksi berbagai unit terkait di USD. Prodi lain yang pernah memenangkan hibah adalah Matematika (A2), T. Elektro (A2), PMIPA (A2), Farmasi (A1) yang waktu itu masih terakreditasi C.
