Pasca bencana alam gempa bumi yang menimpa wilayah Jogjakarta dan Jawa Tengah, kegiatan akademik dan administratif USD berjalan seperti biasa. Hal ini disebabkan kampus USD telah dinyatakan aman dan tidak mengalami kerusakan yang berarti. Demikian juga kegiatan Penerimaan Mahasiswa Baru berjalan seperti yang telah terjadwal, yaitu tes seleksi gelombang ke-1 akan berlangsung pada hari Sabtu, 10 Juni 2006 jam 07.30. Namun demikian, untuk Ujian Akhir Semester (UAS) Pimpinan USD mengambil kebijakan untuk mengundur waktu ujian hingga 1 minggu, dimulai hari Senin 5 Juni 2006. Di masa pasca gempa ini, USD telah mendirikan Posko Peduli Gempa yang dikoordinir oleh Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) di Kampus 2 Jl. Gejayan Mrican Depok Selman DIY dengan no telp. 0274-513301 Psw 1527 dan Contact Person Drs. H. Wahyudi M.Si. (08122940687). Posko ini akan menerima dan menyalurkan bantuan logistik ke tempat-tempat pengungsian. Posko ini juga menyediakan dapur umum untuk memberi bantuan makanan para pengungsi. USD juga memberi bantuan logistik ke posko-posko dapur umum di kelurahan Panggungrejo, Sumbermulyo, Mulyodadi, dan Sidomulyo di Kabupaten Bantul. Posko USD berencana akan mengirim bantuan logistik ini ke wilayah - wilayah yang berlum terjangkau selama bantuan logistik masih tersedia di Posko LPPM. Bantuan logistik ke Posko USD berasal dari para alumni dan dari masyarakat umum yang peduli dengan korban bencana. Saat ini juga pimpinan USD sedang mendata korban jiwa, luka, dan rumah yang rusak dari dosen, karyawan, dan mahasiswa USD. Menurut Pembantu Rektor III Paulus Kuswandono, saat ini tercatat 24 rumah dosen dan 63 rumah karyawan USD mengalami kerusakan. Untuk membantu meringankan beban para dosen dan karyawan yang menjadi korban gempa, USD menyediakan bahan makanan yang dapat diambil di Biro Adsministrasi Umum. Sedang mahasiswa yang terkena bencana gempa ini mendapat santunan sebesar Rp. 100.000 yagn diambil dari Sanata Dharma Student Fund.
