Biro yang bertugas menjalin kerja sama dengan perguruan tinggi, perusahaan, rumah sakit, dan lembaga-lembaga lain di luar USD. Sampai saat ini USD telah menjalin kerja sama dengan:

Program kerjasama dengan perguruan tinggi di dalam dan luar negeri

• Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
• Universitas Muhamadiyah Yogyakarta
• Universitas Negeri Yogyakarta
• Universitas Kristen Duta Wacana Yogyakarta
• Universitas Islam Indonesia Yogyakarta
• Universitas Sarjana Wiyata Tamansiswa
• ATMI Surakarta
• Universitas Kristen Satya Wacana Salatiga
• Universitas Indonesia
• Anggota Asosiasi Perguruan Tinggi Katolik (APTIK): Universitas Atmajaya Jakarta, Universitas Parahyangan Bandung, Universitas Atmajaya Makasar, Universitas Atma Jaya Yogyakarta, Unika Soegiyapranata Semarang, Universitas Widya Mandala Madiun, Universitas Widya Mandala Surabaya, Universitas Widya Mandira Kupang, STT Musi, STIE Widya Dharma Pontianak, Unika Santo Thomas - Medan, Unika Widya Karya - Malang, ST Ilmu Kesehatan Sint. Carolus - Jakarta, Universitas Katolik De La Salle - Manado, Unika Dharma Cendika - Surabaya
• STKIP St Paulus Ruteng
• STKIP Widya Yuwana, Madiun
• College of the Holy Cross, Amerika Serikat
• Hogeschool van Arnhem en Nijmegen (HAN University) Belanda
• Loyola University of Chicago, Amerika Serikat
• The Ateneo de Zamboanga, Philipina
• The Ateneo de Manila, Philipina
• KEIO University, Jepang
• The University of Hull, Inggris
• National University of Singapore
• The Ford Foundation, Amerika Serikat
• The Fulbright Foundation dan AMINEF
• Vassar College, Amerika Serikat
• Fu Jen Catholic University Taiwan
• Nanzan University, Japan
• Institute of Administration (CBE -LIBA), Chennai , India
• The Rotterdam University, Belanda
• Laboratory of Profesor Toshio Sugiman Kyoto University, Japan
• Universitat Osnabruck, Germany
• International Centre for Educational Excellence (ICEE)
• St. Augustine's University of Tanzania
• Assumption University, Thailand
• Sogang University, Korea Selatan
• Departemen of Molecular & Laser Physics Nijmegen Belanda
• The Association of Christian Universities and Colleges in Asia (ACUCA)
• Association of Southeast and East Asian Catholic Colleges and Universities (ASEACCU)
• Association of Jesuit Colleges and Universities (AJCU)
• International Association of Jesuit Business Schools (IAJBS)

Kerja sama dengan instansi lain di dalam dan luar negeri:

F. Farmasi

• PT Air Mancur, Solo
• Jakarta-Jakarta Fried Chicken
• PD ISFI DIY
• Dinas Kesehatan DIY
• Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman
• Balai Besar POM DIY
• Industri Farmasi: PT Kalbe Farma, PT Sanbe Farma, PT Phapros, PT Berlico Mulia Farma, PT Indocare, PT Bayer, PT Konimex, PT Kimia Farma, PT Combiphar , PT. Surya Dermato Medica Laboratories,
• Dexa Medica

Fakultas Sains dan Teknologi

Program Studi Mekatronika

 •    Mobil Cepu Limited (MCL) / Exxons Mobil Indonesia

• Gamatechno, Yogyakarta
• PT. Nagasakti Paramashoes Industri, Tangerang
• PT Coca-cola Sumedang & Cibitung
• PT Dharmapolimetal, Tangerang
• PT. MATTEL Indonesia Jakarta

 Program Studi T. Informatika

• Oracle

 Program Studi Fisika

• BATAN, DIY

 Fakultas Psikologi

• DRR-Karina Indonesia
• Pusat Kajian Representasi Sosial, Jakarta
• Viataal, Belanda

 Fakultas Ekonomi

• Institute for Migrans Worker (IWORK)
• Yayasan De Britto Yogyakarta
• Sentra Industri Kecil Desa Krebet, Bantul

 Program Studi Sastra Inggris

• Taman Pintar Yogyakarta
• Yayasan Pondok Rakyat
• Bandung Spirit
• Taman Budaya Yogyakarta

 Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan

• Kabupaten Belu, NTT
• Kabupaten Pegunungan Bintang, Papua
• Kabupaten Asmat, Papua
• Yayasan Anda
• Yayasan Lazaris
• Yayasan Fajar Pendidikan
• Media Masa : SKH Bernas, RRI, Radio UNISI, Radio Ista Kalisa
• SD : SDK(Kanisius) Kotabaru, SDKBaciro, SDK Sorowajan, SDN Tegalrejo, SD Tarakanita I, SD K Pugeran, SDK Notoyudan, SDK Kalasan, SDK Kadirojo
• SMP: SMP K Gayam, SMPK Pakem, SMP Karitas Ngaglik, SMPN Mlati, SMPN 2 Yogyakarta, SMPN 3 kalasan, SMP PL Moyudan, SMP Piri I, SMP Piri II, SMP Taman Dewasa
• SMU: SMA De Britto, SMA Stece 1 & 2, SMA N 6 Yogyakarta, SMA N 1 Depok, SMA N 2 Depok, SMA PL Yogyakarta, SMA N 1 Bantul, SMA St. Maria, SMA N 11 Yogyakarta, SMA N 5 Yogyakarta, SMA van Lith Muntilan, SMA Marsudiluhur, SMA St. Michael,
• SMK : SMK YPKK 1 Sleman, SMK YPKK3 Sleman, SMK Sanjaya Pakem, SMK Marsudiluhur,
• Panti Asuhan (PA): PA Putra & Putri Santa Maria Boro, PA Harapan, Pondok Diakonia Bawen, PA Wiloso Muda-Mudi Purworejo, PA Kemuda Magelang, PA Pangrekso Dalem Magelang

 Tingkat Universitas

• Bank Mandiri
• Bank Rakyat Indonesia
• Bank Cimb Niaga
• RS Panti Rapih
• Microsoft

 Lain-lain

• PT. MAK (Mega Andalan Kalasan) Yogyakarta
• PT. BCA
• PT. Bank Panin Tbk
• Bank International Indonesia (BII), Jakarta
• PT. Excelcomindo
• T V 7
• Gramedia Media
• RS. Pusat Pertamina
• Rumah Sakit Paramita, Tangerang, Banten
• PT. Tropical Electronic Batam
• PT. Astra International Honda, Yogyakarta
• PT. Televisi Transformasi Indonesia, Jakarta
• Body & Soul Clothing, Bali
• PT. Shanghiang Perkasa, Jakarta Utara
• PT. Prudential Life Assurance, Jakarta
• PT. Santos Jaya Abadi, Sepanjang-Sidoarjo
• Com SHRM- PT. Siemens Indonesia, Jakarta
• PT. Toyota Astra Motor, Jakarta
• Sony Electronic, Pekanbaru
• PT. Polypackindo Utama, Karawaci-Tangerang
• PT. Gramedia Multi Utama, Jakarta
• HRD- Kalbe Farma Health Food Division, Jakarta Utara
• PT. AXA Life Indonesia, Yogyakarta
• Kanaan Global School, Jakarta
• Australian Volunteer International (AVI)