Berdasarkan SK MenRistekDikti No. 24/M/Kp/III/2015 tanggal 20 Maret 2015 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Matematika Program Magister pada Universitas Sanata Dharma di Kabupaten Sleman, yang diselenggarakan oleh Yayasan Sanata Dharma di Kabupaten Sleman, dinyatakan memenuhi persyaratan akreditasi minimal. Setelah melakukan akreditasi untuk pertama kalinya maka saat ini Magister Pendidikan Matematika (S2 PMat) USD dinyatakan Terakreditasi B oleh BAN-PT dengan nomor 2441/SK/BAN-PT/Akred/M/IX/2018 yang berlaku dari 04 September 2018 hingga 04 September 2023.